Auto ML (Automated Machine Learning)

Automated machine learning (Auto ML) indebærer, at computeren opbygger et stort antal forskellige modeller og evaluerer dem for dig. Auto ML kan udføres i Tidymodels med tilføjelsespakkerne agua og h2o. Auto ML er sandsynligvis fremtiden inden for prædiktionsmodellering. Efterhånden som processorer (computerkraft) bliver stærkere, vil auto ML blive mere anvendeligt, eftersom metoden kræver, at et stort antal modeller afprøves, hvilket er tids- og beregningskrævende. Hvis der er omfattende computerkraft til rådighed, og de rette performance metrics er valgt, er auto ML en meget potent metode.

Vi begynder dette eksempel med at installere mlbench for at få adgang til data om 768 individer, som tilhører Pima-indianerne. Vi kopierer data til objektet pima og omkoder derefter kolonnen diabetes til Yes og No i stedet for henholdsvis pos og neg.

## Installer og aktivér mlbench for at
install.packages("mlbench")
library(mlbench)

## Aktivér data
data(PimaIndiansDiabetes)

## Kopiér data til objektet pima
pima <- PimaIndiansDiabetes

## Omkod variablen diabetes til Yes og No i stedet for pos og neg
pima$diabetes = recode_factor(pima$diabetes,
                              'pos'='Yes',
                              'neg'='No')

head(pima)
  pregnant glucose pressure triceps insulin mass pedigree age diabetes
1        6     148       72      35       0 33.6    0.627  50      Yes
2        1      85       66      29       0 26.6    0.351  31       No
3        8     183       64       0       0 23.3    0.672  32      Yes
4        1      89       66      23      94 28.1    0.167  21       No
5        0     137       40      35     168 43.1    2.288  33      Yes
6        5     116       74       0       0 25.6    0.201  30       No

Vi bruger derefter funktionen initial_split() til at oprette træningsdata og testdata. Vi angiver prop=0.7, for at 70 % af data skal bruges til træning. Med funktionerne training() og testing() udtrækker vi derefter træningsdata og testdata til separate filer. Bemærk argumentet strata=diabetes, som indebærer, at vores split stratificeres på kolonnen diabetes, hvilket fører til, at andelen med Yes og No bliver lige stor i træningsdata og testdata. Dette er ønskværdigt, for at andelen, der rammes af diabetes, skal være lige stor i træningsdata og testdata.

pima_split <- initial_split(pima, strata=diabetes, prop=0.7)
pima_train <- training(pima_split)
pima_test <- testing(pima_split)

I næste trin installerer vi pakkerne agua og h2o. Pakken agua kommunikerer mellem Tidymodels og h2o. Beregningerne udføres i h2o, som skal startes ved hjælp af funktionen h2o_start():

## Installer pakkerne
install.packages("agua")
install.packages("h2o")

## Aktivér pakkerne
library(agua)
library(h2o)

## Start en h2o-server
h2o_start()

Herefter specificerer vi en model med funktionen auto_ml() med metoden h2o. Vi angiver også max_runtime_secs=300, hvilket betyder, at vi er villige til at vente 200 sekunder på at bygge og sammenligne modeller (denne parameter kan øges til et eller flere døgn i virkelige situationer).

For at bruge h2o skal en h2o-instans startes, hvilket gøres med funktionen h2o_start(). Dette starter en h2o-instans på computeren og skal gøres, hver gang R startes. h2o vil bruge alle kerner på din computer (h2o paralleliserer alle beregninger automatisk). Hvis du vil begrænse antallet af kerner, gøres det med argumentet nthreads. h2o-serveren lukkes, når R afsluttes. Hvis du vil lukke h2o manuelt, gøres det med funktionen h2o_end().

## Specificér model og hvor længe du er villig til at vente
h2o_mod <-
  auto_ml() |>
  set_engine("h2o",
             max_runtime_secs=200,
             exclude_algos = c("StackedEnsemble")) |>
  set_mode("classification") |>
  fit(diabetes ~ ., data = pima_train)

H2o kræver, at kategoriske variabler (character, factor) konverteres til numeriske variabler. Dette gøres automatisk af parsnip, hvis vi bruger fit() til at oprette modellen (se ovenfor). Bemærk også, at vi har angivet, at modeller af typen StackedEnsemble ikke skal oprettes.

Andre vigtige argumenter i set_engine() er følgende:

  • max_models angiver det maksimale antal modeller, der afprøves.
  • exclude_algos og include_algos angiver, hvilke typer modeller der skal inkluderes eller ekskluderes. Følgende modeller er tilgængelige:
    • DRF (including both the Random Forest and Extremely Randomized Trees (XRT) models)
    • GLM
    • XGBoost (XGBoost GBM)
    • GBM (H2O GBM)
    • DeepLearning (Fully-connected multi-layer artificial neural network)
    • StackedEnsemble Som er en fusion af ovenstående ensemble-algoritmer.
  • validation: et heltal mellem 0 og 1, som angiver, hvor stor en andel af træningsdata der skal bruges som valideringsdata. Dette bruges af h2o til at evaluere modellernes præcision og afbryde konstruktionen af dårlige modeller.

Resultatet gemmes i objektet h2o_mod. På dette objekt kan en række funktioner anvendes. Disse funktioner eksemplificeres nu.

Funktionen rank_results() rangerer hver models performance (via krydsvalidering) for hver metric. Jo lavere tal i rangeringen, desto bedre model. Rangering 1 angiver den bedste model. Herunder udtrækkes alle modellers rangering baseret på AUC.

rank_results(h2o_mod) |>
  filter(.metric=="auc") |>
  arrange(rank)
## A tibble: 48 × 5
   id                                                    algorithm         .metric  mean  rank
   <chr>                                                 <chr>             <chr>   <dbl> <int>
 1 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511                        gradient boosting auc     0.831     1
 2 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_4           gradient boosting auc     0.827     2
 3 GLM_1_AutoML_1_20221226_215511                        glm               auc     0.827     3
 4 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_9       xgboost           auc     0.826     4
 5 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_3           gradient boosting auc     0.825     5
 6 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_5       xgboost           auc     0.825     6
 7 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_2       xgboost           auc     0.824     7
 8 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_4       xgboost           auc     0.823     8
 9 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_1  neural nets       auc     0.823     9
10 GBM_5_AutoML_1_20221226_215511                        gradient boosting auc     0.822    10
11 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_3       xgboost           auc     0.821    11
12 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_1       xgboost           auc     0.820    12
13 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_13          gradient boosting auc     0.820    13
14 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_6           gradient boosting auc     0.819    14
15 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_7  neural nets       auc     0.819    15
16 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_10 neural nets       auc     0.818    16
17 GBM_1_AutoML_1_20221226_215511                        gradient boosting auc     0.818    17
18 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_10      xgboost           auc     0.817    18
19 DRF_1_AutoML_1_20221226_215511                        random forests    auc     0.817    19
20 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_7       xgboost           auc     0.815    20
21 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_2           gradient boosting auc     0.815    21
22 XRT_1_AutoML_1_20221226_215511                        random forests    auc     0.815    22
23 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_11          gradient boosting auc     0.815    23
24 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_9           gradient boosting auc     0.813    24
25 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_12      xgboost           auc     0.813    25
26 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_13      xgboost           auc     0.812    26
27 XGBoost_2_AutoML_1_20221226_215511                    xgboost           auc     0.812    27
28 XGBoost_1_AutoML_1_20221226_215511                    xgboost           auc     0.811    28
29 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_2  neural nets       auc     0.811    29
30 GBM_3_AutoML_1_20221226_215511                        gradient boosting auc     0.811    30
31 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_10          gradient boosting auc     0.810    31
32 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_6       xgboost           auc     0.809    32
33 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_12          gradient boosting auc     0.809    33
34 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_5  neural nets       auc     0.808    34
35 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_5           gradient boosting auc     0.806    35
36 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_11      xgboost           auc     0.806    36
37 GBM_2_AutoML_1_20221226_215511                        gradient boosting auc     0.806    37
38 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_8       xgboost           auc     0.805    38
39 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_1           gradient boosting auc     0.804    39
40 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_9  neural nets       auc     0.802    40
41 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_8           gradient boosting auc     0.797    41
42 XGBoost_3_AutoML_1_20221226_215511                    xgboost           auc     0.797    42
43 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_7           gradient boosting auc     0.796    43
44 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_6  neural nets       auc     0.792    44
45 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_4  neural nets       auc     0.785    45
46 DeepLearning_1_AutoML_1_20221226_215511               neural nets       auc     0.779    46
47 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_8  neural nets       auc     0.777    47
48 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_3  neural nets       auc     0.714    48

Ifølge ovenstående er der oprettet 48 modeller på 300 sekunder. Den bedste model har en ROC AUC på 0,831 og hedder GBM_4_AutoML_1_20221226_215511.

Funktionen collect_metrics() beregner gennemsnitsværdien af hver performance metric for hver model.

collect_metrics(h2o_mod, summarize = T)
   id                             algorithm         .metric               mean std_err     n
 1 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting accuracy             0.775 0.0186      5
 2 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting auc                  0.831 0.0132      5
 3 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting err                  0.225 0.0186      5
 4 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting err_count           24.2   1.96        5
 5 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting f0point5             0.677 0.0266      5
 6 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting f1                   0.698 0.0151      5
 7 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting f2                   0.724 0.00764     5
 8 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting lift_top_group       2.29  0.346       5
 9 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting logloss              0.480 0.0178      5
10 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511 gradient boosting max_per_class_error  0.279 0.0127      5
## … with 952 more rows

Funktionen tidy() beregner hver models gennemsnitlige performance. Dette objekt er nyttigt, hvis formålet er at prædiktere ved hjælp af hver model.

tidy(h2o_mod)
   id                                                   algorithm         .metric          .model
 1 GBM_4_AutoML_1_20221226_215511                       gradient boosting <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 2 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_3          gradient boosting <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 3 GLM_1_AutoML_1_20221226_215511                       glm               <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 4 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_4          gradient boosting <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 5 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_9      xgboost           <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 6 GBM_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_13         gradient boosting <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 7 GBM_5_AutoML_1_20221226_215511                       gradient boosting <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 8 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_2      xgboost           <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
 9 DeepLearning_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_1 neural nets       <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
10 XGBoost_grid_1_AutoML_1_20221226_215511_model_5      xgboost           <tibble [6 × 2]> <fit[+]>
## … with 38 more rows

For at prædiktere med hver eneste model på de første 10 personer i pima_test bruges nedenstående kode. Bemærk, at funktionen slice(pima_test, 1:10) udtager de første 10 individer.

tidy(h2o_mod) %>%
  mutate(.predictions = map(.model, predict, new_data = slice(pima_test, 1:10)))

Funktionen extract_fit_engine() udtrækker en enkelt model fra objektet. Hvis argumentet id ikke angives, udtrækkes den bedste model ("leader model"). Modellernes id er angivet i resultaterne i kolonnen id (se for eksempel udskriften fra rank_results()).

extract_fit_engine(h2o_mod)
Model Details:
==============

H2OBinomialModel: gbm
Model ID:  GBM_4_AutoML_1_20221226_215511
Model Summary:
  number_of_trees number_of_internal_trees model_size_in_bytes min_depth max_depth mean_depth min_leaves max_leaves
1              29                       29               13560         8        10    9.31034         27         35
  mean_leaves
1    32.37931

H2OBinomialMetrics: gbm
** Reported on training data. **

MSE:  0.05725762
RMSE:  0.2392857
LogLoss:  0.2300623
Mean Per-Class Error:  0.0376547
AUC:  0.9922995
AUCPR:  0.9856815
Gini:  0.9845989
R^2:  0.7477261

Confusion Matrix (vertical: actual; across: predicted) for F1-optimal threshold:
        No Yes    Error     Rate
No     333  17 0.048571  =17/350
Yes      5 182 0.026738   =5/187
Totals 338 199 0.040968  =22/537

Maximum Metrics: Maximum metrics at their respective thresholds
                        metric threshold      value idx
1                       max f1  0.392466   0.943005 180
2                       max f2  0.377527   0.962145 183
3                 max f0point5  0.555395   0.947368 151
4                 max accuracy  0.439211   0.959032 175
5                max precision  0.948979   1.000000   0
6                   max recall  0.259765   1.000000 220
7              max specificity  0.948979   1.000000   0
8             max absolute_mcc  0.392466   0.912150 180
9   max min_per_class_accuracy  0.439211   0.957219 175
10 max mean_per_class_accuracy  0.392466   0.962345 180
11                     max tns  0.948979 350.000000   0
12                     max fns  0.948979 186.000000   0
13                     max fps  0.019980 350.000000 399
14                     max tps  0.259765 187.000000 220
15                     max tnr  0.948979   1.000000   0
16                     max fnr  0.948979   0.994652   0
17                     max fpr  0.019980   1.000000 399
18                     max tpr  0.259765   1.000000 220

Gains/Lift Table: Extract with `h2o.gainsLift(<model>, <data>)` or `h2o.gainsLift(<model>, valid=<T/F>, xval=<T/F>)`

H2OBinomialMetrics: gbm
** Reported on cross-validation data. **
** 5-fold cross-validation on training data (Metrics computed for combined holdout predictions) **

MSE:  0.1568414
RMSE:  0.396032
LogLoss:  0.474387
Mean Per-Class Error:  0.2495187
AUC:  0.8318411
AUCPR:  0.7182069
Gini:  0.6636822
R^2:  0.3089657

Confusion Matrix (vertical: actual; across: predicted) for F1-optimal threshold:
        No Yes    Error      Rate
No     224 126 0.360000  =126/350
Yes     26 161 0.139037   =26/187
Totals 250 287 0.283054  =152/537

Maximum Metrics: Maximum metrics at their respective thresholds
                        metric threshold      value idx
1                       max f1  0.243135   0.679325 240
2                       max f2  0.096600   0.802792 323
3                 max f0point5  0.568206   0.705968 105
4                 max accuracy  0.568206   0.780261 105
5                max precision  0.956189   1.000000   0
6                   max recall  0.028299   1.000000 389
7              max specificity  0.956189   1.000000   0
8             max absolute_mcc  0.491770   0.501248 130
9   max min_per_class_accuracy  0.352644   0.727273 189
10 max mean_per_class_accuracy  0.243135   0.750481 240
11                     max tns  0.956189 350.000000   0
12                     max fns  0.956189 186.000000   0
13                     max fps  0.016039 350.000000 399
14                     max tps  0.028299 187.000000 389
15                     max tnr  0.956189   1.000000   0
16                     max fnr  0.956189   0.994652   0
17                     max fpr  0.016039   1.000000 399
18                     max tpr  0.028299   1.000000 389

Gains/Lift Table: Extract with `h2o.gainsLift(<model>, <data>)` or `h2o.gainsLift(<model>, valid=<T/F>, xval=<T/F>)`
Cross-Validation Metrics Summary:
                             mean       sd cv_1_valid cv_2_valid cv_3_valid cv_4_valid cv_5_valid
accuracy                 0.774559 0.041612   0.796296   0.814815   0.794392   0.757009   0.710280
auc                      0.831481 0.029510   0.852256   0.852256   0.847876   0.820849   0.784170
err                      0.225441 0.041612   0.203704   0.185185   0.205607   0.242991   0.289720
err_count               24.200000 4.381781  22.000000  20.000000  22.000000  26.000000  31.000000
f0point5                 0.676793 0.059588   0.710526   0.741758   0.696517   0.644444   0.590717
f1                       0.698472 0.033793   0.710526   0.729730   0.717949   0.690476   0.643678
f2                       0.724003 0.017082   0.710526   0.718085   0.740741   0.743590   0.707071
lift_top_group           2.293599 0.774065   2.842105   2.842105   1.445946   2.891892   1.445946
logloss                  0.479799 0.039779   0.439568   0.452327   0.474039   0.491787   0.541276
max_per_class_error      0.278724 0.028374   0.289474   0.289474   0.243243   0.257143   0.314286
mcc                      0.525621 0.065505   0.553383   0.589539   0.558669   0.504708   0.421806
mean_per_class_accuracy  0.767549 0.027921   0.776692   0.790977   0.785521   0.763320   0.721236
mean_per_class_error     0.232451 0.027921   0.223308   0.209023   0.214479   0.236680   0.278765
mse                      0.157833 0.015036   0.144910   0.144622   0.153228   0.167321   0.179083
pr_auc                   0.713002 0.081285   0.787191   0.812500   0.665643   0.669870   0.629805
precision                0.664095 0.075733   0.710526   0.750000   0.682927   0.617021   0.560000
r2                       0.304361 0.068720   0.364576   0.365836   0.322660   0.260363   0.208372
recall                   0.743670 0.032205   0.710526   0.710526   0.756757   0.783784   0.756757
rmse                     0.396927 0.018757   0.380670   0.380292   0.391444   0.409049   0.423182
specificity              0.791429 0.075997   0.842857   0.871429   0.814286   0.742857   0.685714

I ovenstående eksempel blev der ikke oprettet modeller af typen StackedEnsemble. Hvis det gøres, kan funktionen member_weights() bruges til at klarlægge, hvilken model der er vigtigst i ensemblet. Dette illustreres ikke her.

Vi fortsætter med at prædiktere med vores bedste model. Dette gøres som sædvanligt med funktionen predict(). Parsnip vil automatisk bruge den bedste model til at foretage prædiktionen. Resultatet af prædiktionen sender vi til pima_test, hvor vi opretter kolonnen predicted. Som sædvanligt vil denne bestå af to nestede (sammenføjede) kolonner, hvilket vi afhjælper ved hjælp af funktionen unnest().

pima_test$predicted <- predict(h2o_mod, new_data = pima_test, type="prob")

## Vi unnester kolonnen predicted til to separate kolonner
pima_test <- unnest(pima_test, predicted)

head(pima_test)
  pregnant glucose pressure triceps insulin  mass pedigree   age diabetes .pred_No .pred_Yes
1        3      78       50      32      88  31      0.248    26 Yes        0.937     0.0632
2       10     115        0       0       0  35.3    0.134    29 No         0.306     0.694
3       10     168       74       0       0  38      0.537    34 Yes        0.0737    0.926
4       10     139       80       0       0  27.1    1.44     57 No         0.839     0.161
5        5     166       72      19     175  25.8    0.587    51 Yes        0.401     0.599
6        0     118       84      47     230  45.8    0.551    31 Yes        0.517     0.483
## ROC AUC
resultat %>%
    roc_auc(diabetes, .pred_Yes)

## ROC-kurven
resultat |>
  roc_curve(diabetes, .pred_Yes) |>
  ggplot(aes(x = 1 - specificity, y = sensitivity)) +
  geom_path() +
  geom_abline(lty = 3) +
  coord_equal()

AUC: 0,834

ROC-kurve med sensitivitet mod 1 minus specificitet for Auto ML-modellen, med prikket diagonal referencelinje

Auto ML med en opskrift

Vi gentager nu modelleringen med en opskrift. En opskrift gør det muligt at indføre pre-processing ved hjælp af step-funktioner. Der findes en lang række step-funktioner (se dokumentation her), som letter pre-processing. Eksempler på step-funktioner er følgende:

  • [step_impute_bag()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_impute_bag.html) imputerer manglende data med bagged trees.
  • step_BoxCox() transformerer data med Box-Cox-transformation.
  • step_mutate() opretter nye variabler med dplyr-syntaks.
  • step_dummy() omdanner kategoriske variabler til dummy-variabler.
  • [step_center()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_center.html) centrerer numeriske variabler.
  • [step_normalize()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_normalize.html) centrerer og skalerer numeriske variabler.
  • [step_nzv()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_nzv.html) fjerner variabler med near zero variance.
  • [step_rm()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_rm.html) fjerner udvalgte variabler.
  • [step_select()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_select.html) udvælger variabler med dplyr-syntaks.
  • [step_zv()](https://recipes.tidymodels.org/reference/step_zv.html) fjerner variabler med zero variance.

Der findes mange flere step-funktioner.

Først starter vi h2o, og derefter opretter vi træningsdata og testdata:

## Aktiverer h2o
h2o_start()

## Opdeler data i træningsdata og testdata
## Vi angiver et seed for at få de samme test- og træningsdata hver gang vi gør dette
set.seed(1)
pima_split <- initial_split(pima, strata=diabetes, prop=0.7)
pima_train <- training(pima_split)
pima_test <- testing(pima_split)

I næste trin specificerer vi, at en klassifikationsmodel skal oprettes med h2o. Den samlede tid til at bygge modeller må højst være 600 sekunder. Argumentet seed = 1 gør, at vi kan opnå det samme resultat, hver gang modellerne oprettes (dette er ønskværdigt, hvis resultaterne skal kunne reproduceres nøjagtigt).

## run for a maximum of 120 seconds
my_auto_ml_model <-
  auto_ml() %>%
  set_engine("h2o", max_runtime_secs = 60*10, seed = 1) %>%
  set_mode("classification")

Derefter opretter vi en opskrift, hvor vi angiver formlen og mindst én step-funktion.

## Vi opretter nu en opskrift, hvor kontinuerte variabler normaliseres
my_recipe <-
  recipe(diabetes ~ ., data = pima_train) %>%
  step_normalize(all_predictors())

I næste trin opretter vi et workflow (arbejdsgang). Dette er nødvendigt, fordi vi har en opskrift. For at kombinere en opskrift med en model kræves et workflow, som følger:

## Da vi har oprettet en opskrift, kræves et workflow (arbejdsgang)
my_workflow <-
  workflow() %>%
  add_model(my_auto_ml_model) %>%
  add_recipe(my_recipe)

I sidste trin oprettes modellerne med følgende kommando:

## Når vi bruger fit(), køres modellerne
my_fit <- fit(my_workflow,
              data = pima_train)

Resultatet fås med følgende kommando:

extract_fit_parsnip(my_fit)
parsnip model object

═════════════════════════════════ H2O AutoML Summary: 77 models ═════════════════════════════════
Leader Algorithm: stackedensemble

Leader ID: StackedEnsemble_BestOfFamily_6_AutoML_2_20221226_230058

═════════════════════════════════ Leaderboard ═════════════════════════════════
                                                 model_id       auc   logloss     aucpr mean_per_class_error
1 StackedEnsemble_BestOfFamily_6_AutoML_2_20221226_230058 0.8504125 0.4579039 0.7076490            0.2135829
2 StackedEnsemble_BestOfFamily_7_AutoML_2_20221226_230058 0.8499847 0.4598350 0.7029424            0.2158900
3 StackedEnsemble_BestOfFamily_1_AutoML_2_20221226_230058 0.8496791 0.4587145 0.6915028            0.2157830
4             GBM_grid_1_AutoML_2_20221226_230058_model_4 0.8495875 0.4573177 0.7095222            0.2173950
5 StackedEnsemble_BestOfFamily_4_AutoML_2_20221226_230058 0.8492284 0.4587871 0.7102592            0.2176471
6    StackedEnsemble_AllModels_1_AutoML_2_20221226_230058 0.8488694 0.4601824 0.6896033            0.2151948

I alt blev der oprettet 77 modeller, hvoraf den bedste har id StackedEnsemble_BestOfFamily_6_AutoML_2_20221226_230058, med en AUC på 0,850 (ikke testet på testdata).

Auto ML bruges i dag til at få et fingerpeg om, hvilke modeller der er gode til en given opgave. Auto ML er ingen garanti for, at den bedste model opnås. Med omhyggelig manuel hyperparameter tuning (optimering af hyperparametre) kan man oftest skabe modeller, der er bedre end dem, der er skabt med auto ML.